Ljubljanica
Reka, ki je imela v času prazgodovine, kot tudi kasneje v času naselitve Slovanov kultni pomen in sodi med najpomembnejša arheološka najdišča v Sloveniji, je od leta 2003 zaščitena kot kulturni spomenik. Do 19. stoletja je bila ena od najdaljših in najpomembnejših plovnih poti na Slovenskem, katere tok so preusmerili ravno na območju občine Brezovica zaradi izjemnega podpeškega črnega apnenca. Danes je njena plovnost med Ljubljano in Podpečjo pomembna turistična ponudba.
Osamelci
Osamelci, oziroma »otoki« so manj ugreznjeni deli dna Ljubljanskega barja. Sinja gorica (293 m), Blatna Brezovica (326 m), Bevke (Brdo, 345 m), in Kostanjevica (367 m), Plešivica (390 m), Grič - Dobčenica (342 m), osamelci pri Vnanjih Goricah (Veliki vrh, 373 m), Gulč (350 m), Zadočenca (342 m), so vrhovi slemena, ki ločijo Podlipsko dolino na severu in dolino Ljubljanice na jugu. Vzhodno od osamelcev pri Vnanjih Goricah, kjer poteka tomišeljski prelom, osamelcev ni več, kar potrjuje močnejše ugrezanje vzhodnega in jugozahodnega dela Ljubljanskega barja. Le dva manjša, Grmez (320 m) in Babna gorica (328 m), sta že povsem blizu vzhodnega roba Ljubljanskega barja, pri Škofljici.
Podpeški kamnolom
Podpeški kamnolom se nahaja na severnem pobočju Svete Ane. Pretežno apnenčasta kamnina iz časa spodnje jure, pred 210 milijoni let, je naložena v debeli skladovnici, v kateri se menjavajo nekaj centimetrov debele plasti z večinoma pol metra in tudi več kot meter debelimi črnkastimi ali temno sivimi skladi. Plasti skladov zelo strmo visijo proti jugu. Apnenec v Podpeškem kamnolomu po sestavi ni homogen, ampak se loči med seboj. Najlažje prepoznaven je skladnat apnenec s tesno naloženimi dolgimi belimi progami. To so zanimivi školjčni ostanki in so običajno naloženi vzporedno s plastmi.
Kamen se je zdel dragocen že Rimljanom, ki so ga izrabljali za izgradnjo Emone(današnja Ljubljana). Prevažali so ga po Ljubljanici, zaradi česar so prestavili njeno strugo.
Podpeški črni apnenec je bil priljubljen material arhitekta Jožeta Plečnika, iz katerega je po njegovih načrtih izdelano tudi notranje stopnišče v Narodni in univerzitetni knjižnici v Ljubljani.
Zajezero
Južno od naselja Jezero je močvirna ravnica Zajezero. Značilnost te ravnice je kraško jezero, ki leži pod Sveto Ano. Podpeško Jezero je ovalne oblike z dolžino 135 m in širino 120 m. Od dna Ljubljanskega barja ga loči 10 m visoka dolomitna pregrada. Napaja se s površinskim dotokom potoka Jezernice (Mlinski potok), ki izvira v podnožju Krimskega hribovja v sedmih izvirih. Odtok iz jezera je podzemen, verjetno pa ima jezero tudi podzemni pritok. Jezero se s svojimi 47 m globine uvršča med globlja jezera pri nas. Proti dnu se zoži v lijakasto brezno, skozi katerega voda podzemno odteka proti Barju. Na površju se običajno ponovno pojavi v 300 m oddaljenem izviru Pod hruško. Gladina jezera je ves čas enako visoka, občasno pa tudi poplavlja močvirno ravnico. Pozimi temperatura jezera ne pade pod 7º C, poleti pa se voda segreje do 20º C, zato je prijetno poletno kopališče. Jezero je znano po številnih ribjih vrstah, med katerimi so ribolovno zanimive smuč, som, tolstolobik, krap, postrv, ščuka, klen in druge. Močvirna ravnica in jezero sta bila leta 1988 razglašena za naravni spomenik.
Ponikve pri Preserjih
Ponikve pri Preserju so najmanjše, a hkrati eno najbolj tipičnih kraških polj v Sloveniji. Za slednja je značilno, da nastanejo v kotanjah na slabše prepustni matični podlagi in imajo največkrat podzemni vodni dotok in odtok. Po dnu Ponikev meandrira potok, ki izvira v številnih stalnih izvirih na južnem robu polja in ponikne v ponorih na severnem in vzhodnem delu polja. Kadar pade veliko dežja, polje ojezeri (spomladi in jeseni). Vode na polju so podzemno povezane z vodami iz Rakitne ter z izviri na Ljubljanskem barju. Dno Ponikev je približno 400 m široko in 600 m dolgo in se nahaja na nadmorski višini malo pod 294 m, kar je v višini Ljubljanskega barja.
Goriški mah
Nedaleč od vasi Goričica proti Ljubljanici leži Goriški mah, ki je največje in doslej najbolj ohranjeno visoko barje na območju Ljubljanskega barja. Na površini skoraj 19 hektarov in do dveh metrov debelih šotnih plasteh najdemo pestre vegetacijske združbe, od šotnega mahu do sestojev puhaste breze, rdečega bora, smreke in krhlike. V jesenskih mesecih nas bodo toplo sprejele in prijetno presenetile, za vsako oko nenavadno lepe, medonosne planjave jesenske vrese.